《本草纲目》脱稿于1578年，又经过反复三次修改后终于定稿。为了能尽快刊刻此书，李时珍不顾年高体弱，于1580及1590年两次前往太仓和南京，请当代文学家、曾任刑部尚书的王世贞作序，之后经金陵出版书商胡承龙应允刻印。从1590年(明万历十八年)起，至1593(明万历二十一年)止，前后历时四年才全部刻完。在原书即将出版之时，李时珍告别人世，没有能目睹自己心血的问世。三年后的1596年，《本草纲目》在南京全部出版，史称金陵版。目前该版本已成为世界珍宝，存世不多。根据日本著名医史文献学者真柳诚教授的研究，该书在世界各地收藏情况如下( 括号内为目录中所列)：

1)日本、国立公文书馆内阁文库本（别42函 8号）

      全帙本。为井口直树所献本。内阁文库所藏这一金陵本，于1992年由大阪Orient出版社影印出版。

2)日本、国立国会图书馆本（205-5)

      全帙本。为田泽仲舒的旧藏书，后献于国立国会图书馆。

3)日本、东洋文库本（11-3-A-c-23）

      虽是全帙本，但一部分是钞补内容，为岩崎久弥旧藏书。

4)日本、东北大学附属图书馆狩野文库本（狩8?21595?36）

      全帙本。中国学者狩野亨吉的旧藏书。

5)美国、国立国会图书馆本（G141.76/L61.4)［16］

      全帙本。日本的旧藏书。

6)中国、中医研究院图书馆本(0953/子21-1578)

      全帙本，谓思补山房的旧藏书。

7)中国、上海图书馆本（善本480471-90）

      全帙本。1993年由上海科学技术出版社影印出版。根据其藏书印可知，此书曾为解放前的上海市科学技术图书馆藏书。更早的藏书印模糊不清，只知为 “中国□□□（科学院？）图书馆” 之藏书印。

8)日本、京都府立植物园大森记念文库本（38番）

      阙卷19～21和卷47～49等６卷。为植物学者白井光太郎的旧藏书。

9)日本、武田科学振兴财团杏雨书屋本（贵593）

      现仅存卷19～28共10卷。江户本草学者小野兰山和幕末考证医学者伊泽兰轩的旧藏书。

10)日本、宫城县图书馆伊达文库本（30196 伊?BR>    现仅存卷36～38共3卷。经曲直濑养安院、奥田庆安、幕末的考证医学者弘前藩医涩江抽斋、伊达家等辗转所藏，传至于今。

      除了上述著名的金陵版之外，《本草纲目》还有江西版、湖北版、杭州版、本立堂版等多种，先后在国内翻刻60余次，同时还有一些简编本出现。

      《本草纲目》不仅为我国药物学的发展作出了重大贡献，而且对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展也产生了深远的影响。该书出版后，很快就传到日本，以后又流传到欧美各国，先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等十余种文字在国外出版，传遍五大洲。早在1951年，在维也纳举行的世界和平理事会上，李时珍即被列为古代世界名人；他的大理石雕象屹立在莫斯科大学的长廊上。不仅对中医药学具有极大贡献，而且对世界自然科学的发展也起了巨大的推动作用，被誉为“东方医药巨典”，英国著名生物学家达尔文也曾受益于《本草纲目》，称它为“中国古代百科全书”。英国著名中国科技史专家李约瑟在《中国科学技术史》中写道：“16世纪中国有两大天然药物学著作，一是世纪初（1505年）的《本草品汇精要》，一是世纪末（1595年）的《本草纲目》，两者都非常伟大。”

      李时珍行医，既珍视前人经验，又注重亲身实践，医术不断提高。很快他的名声即传遍蕲州。当时封藩在蕲州的第三个孙子富顺王朱厚焜，特请他到王府为自己的儿子诊病。此子爱吃灯花、生米、泥土，李时珍根据上述症状，诊其为虫病，于是用杀虫药物治好了这种怪病。

      不久，封藩在武昌的楚王，又把李时珍请去当侍医。一天，楚王的儿子突然昏厥不省人事，李时珍根据中医理论辨证后，大胆施用傕吐、攻下类药物，从死亡边缘救回了世子的性命。由此，李时珍被召聘为楚王府“奉祠正”(掌祭祀礼节的官署)，并兼管王府的“良医所”，期间曾治愈许多疾病，楚王欲重金酬谢，但都被李时珍拒绝。由此可见，李时珍是一位不重权贵、不务名利、只求为病人解除痛苦的一位医德高尚的医生。